حکومت پاکستان که از جمله حامیان گروه طالبان گفته می‌شود و این گروه عملاً در خاک آن کشور فعالیت دارد، کشته شدن ملا اختر منصور توسط هواپیماهای آمریکایی را نقض حاکمیتش می‌داند.
وزارت امور خارجۀ پاکستان با نشر اعلامیه‌ای گفته که حملۀ هواپیماهای بدون سرنشین در خاک آن کشور نقض حاکمیت پاکستان است که در گذشته نیز تکرار شده است.
در اعلامیۀ وزارت خارجۀ پاکستان گفته‌شده که تنها راه تأمین صلح در افغانستان به میز مذاکره کشانیدن گروه طالبان است.
پاکستان در حالی هدف‌قرارگرفتن ملا اختر محمد منصور در خاکش را نقض حاکمیت آن کشور می‌خواند که طالبان عملاً در خاک پاکستان فعالیت دارند؛ اما هیچ اقدامی علیه این گروه تابه‌حال انجام نداده است.
حکومت افغانستان در سال‌های اخیر همواره ادعاهایی را مبنی بر حمایت و تجهیز گروه طالبان از سوی پاکستان مطرح کرده، اما پاکستان گاهی پاسخ رد داده و گاهی هم سکوت اختیار کرده است.
اخیراً سرتاج عزیز، مشاور امنیت ملی پاکستان مبنی بر نفوذ حکومت آن کشور بر طالبان اعتراف کرد و سپس هفتۀ گذشته دوباره این مسأله را رد کرد.
قرار بود بر اساس توافق نشست‌های چهارجانبۀ هماهنگ صلح، هر چهار طرف، به‌ویژه پاکستان در صورت نپیوستن طالبان به صلح علیه این گروه اقدام نظامی کند، اما این کشور باز هم به گفتگو اصرار کرد.
بااین‌حال، اقدام آمریکا برای هدف قرار دادن ملا اختر منصور در خاک پاکستان نوعی بی‌اعتمادی آمریکا نسبت به پاکستان در مبارزه با تروریزم گفته می‌شود.