علی خامنه‌ای، رهبر حکومت ایران، عربستان را تهدید کرد در صورت “بی‌احترامی” نسبت به زائران ایرانی در مکه و مدینه و اهمال در انجام وظایف و مسئولیت‌های خود در انتقال اجساد قربانیان واقعۀ منا به کشور، در انتظار “عکس‌العمل سخت و خشن” ایران باشد.
خامنه‌ای خطاب به مقامات عربستان گفت: “دست ایران بالاتر از خیلی‌هاست و امکانات بیشتری هم دارد و اگر بخواهد در مقابل عناصر اذیت کننده و موذی عکس‌العمل نشان بدهد اوضاع آن‌ها خوب نخواهد بود.”
رهبر ایران مدعی شد که در فاجعۀ منا هزاران نفر ازجمله صدها زائر ایرانی کشته شدند. به همین دلیل خامنه‌ای خواستار تشکیل یک کمیتۀ حقیقت‌یاب با حضور کشورهای اسلامی ازجمله ایران شد. رهبر ایران سپس گفت که هنوز تعداد جان‌باختگان ایرانی در حادثۀ منا مشخص نیست و احتمال افزایش آمار کشته‌شدگان به صدها نفر دیگر وجود دارد.
دولت عربستان سعودی گفته است که در حادثۀ منا ۷۶۹ نفر کشته شدند. دولت ایران می‌گوید که ۲۳۹ نفر از زائران این کشور در همین حادثه جان خود را از دست دادند و ۲۴۱ نفر دیگر همچنان مفقودالاثر هستند. دولت ریاض هنوز آمار قربانیان فاجعه منا را بر اساس ملیت آنان اعلام نکرده است.